- 农业防治：主要采取消灭越冬虫源、灌水灭虫、避害等措施。①冬闲田在冬季或翌年早春3月底以前翻耕灌水。早稻草要放到远离晚稻田的地方曝晒，以防转移危害；晚稻草则要在春暖后化蛹前做燃料处理，烧死幼虫和蛹。②4月下旬至5月上旬（化蛹高峰至蛾始盛期），灌水淹没稻桩3～5天，能淹死大部分老熟幼虫和蛹，减少发生基数。③尽量避免单、双季稻混栽，可以有效切断虫源田和桥梁田之间的联系，降低虫口数量。不能避免时，单季稻田提早翻耕灌水，降低越冬代数量；双季早稻收割后及时翻耕灌水，防止幼虫转移危害。④单季稻区适度推迟播种期，可有效避开二化螟越冬代成虫产卵高峰期，降低危害程度。⑤水源比较充足的地区，可以根据水稻生长情况，在一代化蛹初期，先排干田水2～5天或灌浅水，降低二化螟在稻株上的化蛹部位，然后灌水7～10厘米深，保持3～4天，可使蛹窒息死亡；二代二化螟1～2龄期在叶鞘危害，也可灌深水淹没叶鞘2～3天，能有效杀死害虫。
- 药剂防治：为充分利用卵期天敌，应尽量避开卵孵盛期用药。一般在早、晚稻分蘖期或晚稻孕穗、抽穗期卵孵高峰后5～7天，当枯鞘丛率5%～8%，或早稻每6672米有中心受害株100株或丛害率1%～1.5%或晚稻受害团高于100个时，应及时用药防治；未达到防治指标的田块可挑治枯鞘团。二化螟盛发时，水稻处于孕穗抽穗期，防治白穗和虫伤株，以卵盛孵期后15～20天成熟的稻田作为重点防治对象田。在生产上使用较多的药剂品种是杀虫双、杀虫单、三唑磷等，一般每667米2用78%精虫杀手可溶性粉剂40～50克或80%杀虫单粉剂35～40克或25%杀虫双水剂200～250毫升或20%三唑磷乳油100毫升，兑水40～50升喷雾，或兑水200升泼浇或400升大水量泼浇。目前，许多稻区二化螟对杀虫双、三唑磷等已产生严重抗药性，2009年前常用5%锐劲特（氟虫腈）悬浮剂30～40毫升，兑水40～50升喷雾。但自2009年10月起氟虫腈因为对环境极不友好禁止在水稻上使用，建议采用苏云金杆菌（金骠悍）等生物制剂，防效突出的同时对环境友好，对鳞翅目害虫有很好的杀灭效果，施药期间保持深3～5厘米浅水层3～5天，可提高防治效果。
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