- 选用抗（耐）病品种,截止2013年未找到免疫或高抗品种，但有一些农艺性状良好的耐病品种，如苏麦3号、苏麦2号、湘麦1号、扬麦4号、万雅2号、扬麦5号、158号，辽春4号、早麦5号、兴麦17、西农88、西农881、周麦9号一矮优688系、新宝丰（7228）绵麦26号、皖麦27号、万年2号、郑引1号、2133、宁8026、宁8017等。春小麦有定丰3号、宁春24号。各地可因地制宜地选用。
- 农业防治：合理排灌，湿地要开沟排水。收获后要深耕灭茬，减少菌源。适时播种，避开扬花期遇雨。提倡施用酵素菌沤制的堆肥，采用配方施肥技术，合理施肥，忌偏施氮肥，提高植株抗病力。
- 药物防治：用增产菌拌种。每667m^2用固体菌剂100～150g或液体菌剂50ml对水喷洒种子拌匀，晾干后播种。防治重点是在小麦扬花期预防穗腐发生。在始花期喷洒，要在小麦齐穗扬花初期（扬花株率5～10%）用药。药剂防治应选择渗透性、耐雨水冲刷性和持效性较好的农药，每亩可选用25%氰烯菌酯悬浮剂100～200毫升，或40%戊唑·咪鲜胺水乳剂20～25毫升，或28%烯肟·多菌灵可湿性粉剂50～95克，对水30～45公斤细雾喷施。视天气情况、品种特性和生育期早晚再隔7天左右喷第二次药，注意交替轮换用药。此外小麦生长的中后期赤霉病、麦蚜、粘虫混发区，667m^2用40%毒死蜱30ml或10%抗蚜威10g加40%禾枯灵100g或60%防霉宝70g加磷酸二氢钾150g或尿素、丰产素等，防效优异。在长江中下游，喷药时期往往阴雨连绵或时晴时雨，必须抢在雨前或雨停间隙露水干后抢时喷药，喷药后遇雨可隔5～7天再喷1次，以提高防治效果，喷药时要重点对准小麦穗部，均匀喷雾。
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